首先是隨即選擇的熒光標本出現在Specimen Image窗口，奧林巴斯顯微鏡同時紫外-藍光-綠光的三帶通激發光濾光片組合(DAPI-FITC-TRITC)的光譜特征顯示在“濾光片組合”(Filter Set Spectral Profiles)欄下。通過選擇在“光譜交叉部分”(Spectral Cross Sections)下合適的check box(Absorption或Emission)，熒光的吸收和發射光譜交叉的部分(濾光片投射帶通的重疊部分)就可以單一或者一起觀察了。當一個或者多個check box被激活時，組合的濾光片傳送和發射光譜會附加在用于標本熒光觀察的吸收和發射光譜(不包括自發熒光的植物標本)上。熒光吸收光譜在輔助區時用褐色填充的，而在相應的發射光光譜區用灰色填充的。濾光片組合的波長特征以較低的位置展示在黑色的長方形box內。這些數值常常根據滑塊從左到右轉換而更新。
為了操作這個輔助部分，使用Filter Set滑塊可以將三帶寬激發的兩個濾光片組合相互轉換。因為滑塊是由左至右滑動的，所以激發光和阻擋濾光片以及多色反光鏡的光譜會同時轉換。值得注意的是，持續轉換光譜并不意味著任何的濾光片組合都是可能的，也不意味單一的濾光片組合的光譜可以隨意改變。奧林巴斯顯微鏡在選擇的濾光片組合中改變光譜范圍很簡單，有助于在每一個光學模塊中的濾光片組合建立。
單一的濾光光譜(激發光，發射光和多色反光鏡)可以通過選擇和去除Filter Set Spectral Profiles下相應的check box來添加和刪除。除此之外，奧林巴斯顯微鏡熒光的吸收和發射光譜可以通過同樣的操作添加和刪除(Spectral Cross Sections)。觀察樣本的圖像會隨著濾光片的轉換而改變，反應出信號強度和對比度的變化;而這種變化是由滑塊移動引起濾光片組合產生的。一個新的目標樣本可以通過Choose A Specimen的下拉菜單隨時進行，奧林巴斯顯微鏡而用于觀察的熒光種類就列在下拉菜單中。在任何情況下，樣本都經過兩種或者多種熒光探針的染色，通過選擇的寬窄的帶通阻擋濾光片組合來觀察。
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